Zavedení elektronických mýtných systémů má za následek také zásahy do účetnictví dopravních firem. Především v oblasti daně z přidané hodnoty není dostatečně zřejmý jednoznačný postup.

Sdružení ČESMAD BOHEMIA požádalo Ministerstvo financí o vyjádření k uvedenému problému. Následně citujeme stanovisko, které nám bylo doručeno:

      1. Pokud zaplacené mýtné souvisí s konkrétní přepravou zboží, patří tato částka do základu pro daň, tedy do částky za poskytnutou službu a bude zdaněna jako součást úhrady za službu sazbou pro tuto službu platnou (přeprava nákladů 19 %. Pokud by poskytnutá přepravní služba nepodléhala dani, např. proto, že místo plnění by bylo mimo tuzemsko, pak je také součástí úhrady, v takovém případě bez daně.

      2. Vzhledem k tomu, že tzv. mýtné má být vždy součástí úhrady za přepravu, v případě, že dojde ke změně výše této částky vlivem změny částky mýtného, provede plátce opravu základu daně podle §  42 zákona o DPH. V případě, že dojde ke zvýšení základu daně, je plátce povinen tuto opravu provést.

Sdružení ČESMAD BOHEMIA vydalo k problematice DPH v silniční dopravě po vstupu ČR do EU speciálně zaměřenou publikaci DPH v silniční přepravě zboží a osob